Urkundlich wird Pfaffenhofen im 13. Jahrhundert erstmals erwähnt. Aufgrund der altfränkischen Siedlungen der Nachbargemeinden dürfte dieses Dorf aber schon im 7. Jahrhundert gegründet worden sein. Der Name des Dorfes wird aus dem „Pfaffenhof", den die Pfarrei besaß, hergeleitet. Durch die Ansiedlung weiterer Bauern neben dem Pfarrgut entstand dann erst das Dorf „Pfaffenhofen". Mit Wirkung ab 1. Mai 1978 erfolgte zusammen mit Buchheim die Eingliederung in die Stadt Burgbernheim. Pfaffenhofen hat heute 65 Einwohner.
Sehenswürdigkeiten:
Sehenswert ist die im Jahr 1971 renovierte Evang.-Luth. Pfarrkirche St. Nikolaus. Das bedeutendste Wahrzeichen Pfaffenhofens ist der „Alexanderbrunnen" aus dem Jahr 1793. Die Inschrift erinnert an Markgraf Alexander.